Prequel-Staffel 1 "Im Schatten des Abgrundes"
2415: Die Spannungen zwischen Terranern und Romulanern sind wieder einmal auf dem Gipfelpunkt, angeheizt durch die Fanatiker der Inquisition. Die Situation will sich Terroristenchef Sokar zunutze machen, um die neueste Schiffsentwickllung, die ISS Picard, zu kapern und mit ihr auf der Erde den Palast des Imperators zu zerstören. An Bord sind außer seiner Terrorzelle jedoch auch noch Flottenkommissar Vandenberg und der ambitionierte Inquisitor Richard von Rabenstein - ein jeder mit eigener Agenda und voller Misstrauen allen anderen gegenüber. Letztlich scheitert der Plan der Terroristen, nicht zuletzt am eigenen Wahn. Das Imperium ist dabei, sich selbst zu demontieren: der Großkanzler ermordet den Imperator und den Großinquisitor. Doch schon formiert sich die Opposition und verhilft den Todgeweihten auf der Picard zur Flucht.
Die Zwischenlogs spielen zwei Jahre nach diesen Ereignissen und kurz nach Staffel 2: Richard von Rabenstein ist von den Mitgliedern des Konzils zum Großinquisitor gewählt worden und damit Gegner LaSalles, der vom Großkanzler ernannt wurde. Auf der Flucht in den vom Borgkrieg heimgesuchten Teilen der Galaxis versucht von Rabenstein, hinter die verschlüsselten Daten in seinem Amtsring zu kommen, während der Mönch Anselmus nach ihm fahndet. Sokar und Lhoal tr'Khellian entkommen unterdessen in einem gekaperten Borgschiff von einer sich selbst überlassenen Strafkolonie.
Prequel-Staffel 2 "Umbra et Malleus "
2418: Richard von Rabenstein versucht, das Geheimnis des Velconnia-Belts zu ergründen, dessen Daten auf seinem Amtsring gespeichert sind, aber auch Robert Vandenberg und LaSalle sind dem "Etwas" dort auf der Spur. Richard findet einen neuen Verbündeten in Frank Hammerton und seiner Spezialflotte der Inquisition.
Sokar, unterdessen hochrangiges Mitglied des Orion-Syndikats, ist immer noch auf der Suche nach seinem von Terranern entführten Sohn und findet ihn schließlich als Mitglied des Terranischen Militärs. Großkanzler Van Malnen schmiedet ein Komplott gegen LaSalle, dessen Werkzeug Richards Vater sein soll - doch Robert Maximilian von Rabenstein entscheidet sich für einen anderen Weg.
Als die Gegner im Velconnia-Belt eintreffen und herausfinden, welche Gefahr sich dort verbirgt, muss rasch gehandelt werden - doch schon ist nichts mehr, wie es war.
Staffel 1 "At the Gates of Hell"
Über 200 Jahre liegt der verheerende Krieg zurück, den sich das Terranische Imperium mit dem Romulanischen Reich lieferte. Am Ende der Kampfhandlungen beschloss die militärische Führung beider Machtblöcke, daß eine Fortführung des Krieges lediglich zur Zermürbung beider Seiten und Zerstörung wertvoller Ressourcen führen könnte und das es demzufolge logischer wäre, sich zu verbünden. So entstand die Allianz. Die Skepsis auf beiden Seiten blieb jedoch erhalten, trotz der gemeinsamen zentralen Regierung, der Verzahnung der Wirtschaft und des gemeinsamen Militärpotentials. 2417 ist eine hochdekorierte Admiralin der Allianz namens Sareth t'Khellian unterwegs an Bord des neuen Stolzes der Allianzflotte, der ISS Saipan unter dem Kommando von Charles McGregor, dem ersten Transwarpschiff. Offiziell soll sie die finale Campagne gegen die aufständischen Cardassianer leiten, doch ihre wahren Pläne sind anderer Art: ihr Auftrag lautet, den Diebstahl des Transwarpkerns und seine Übergabe an eine romulanische Taskforce in die Wege zu leiten. Doch Inquisitor LaSalle ist ihr auf den Fersen. Und noch mehr Besatzungsmitglieder sind nicht das, was sie scheinen. Zwischen Intrigen und Attentaten beginnt ein mörderischer Wettlauf mit der Zeit, der alle Beteiligten zu radikalen Entscheidungen nötigt.
Staffel 2 "Pandoras Box"
2418 kündigt der amtierende Prätor der Romulaner mit Hilfe Sareth T'Khellians die Allianz auf - mit einem strategischen Trumpf in der Hand: einem gewaltigen Gerät, mit dessen Hilfe das mythische Wurmloch von Bajor geöffnet werden soll, ein Gerät, dessen Antrieb aus dem gestohlenen Transwarpkern der ISS Saipan besteht. Doch der strategische Vorteil entpuppt sich als Büchse der Pandora. Statt Verbündete und neue Ressourcen im Deltaquadranten zu finden, erweckt man das Interesse einer Spezies, die an Rücksichtslosigkeit alle Mächte der Heimat übertrifft: der Borg. Die zerbrochene Allianz und ihre ehemaligen Gegner, die klingonischen Rebellen unter General Kurack, sehen sich mit einer ganz neuen Bedrohung konfrontiert, die sie zu einer raschen Reorganisation zwingt. 2419 gelingt es unter schweren Verlusten, die Borg zurückzuschlagen und das Wurmloch wieder zu schliessen.
Staffel 3 "From Ashes to Flames"
Unversöhnlicher denn je - weil unfähig, einander zu vernichten, stehen sich nach der Lösung der Allianz das "Novum Imperium Terrae" und die "Rihannische Autokratie" gegenüber. 2421 jdoch erwächst den neuen Machtsphären ein Gegner nie gekannter Stärke, die sogenannte Union, die mit einer ungeheuren Militärmaschinerie danach trachtet, Romulaner und Terraner hinwegzufegen, in einem religiös verbrämten Heiligen Krieg. Gleichzeitig beginnt das Novum Imperium Terrae von innen heraus zu zerbröckeln: FleetCaptain Charles McGregor streckt die Hand nach dem Imperatorenthron aus und der Leiter der Inquisition Rufus LaSalle verbündet sich mit verderbenbringenden, schattengleichen Lebensformen aus einer fremden Dimension, um die Macht an sich zu reissen. Währenddes kämpft der totkranke Prätor der Romulaner um sein Leben und Racheengel wie der 'Rabe' breiten ihre Schwingen aus. Das Damoklesschwert des kompletten Untergangs schwebt über dem Alpha- und Betaquadranten und veranlaßt die verfeindeten Mächte, noch einmal Seite an Seite in die Schlacht zu ziehen. Die Union kann besiegt werden, doch die Dunkelheit der Schattenwesen, die die Inquisition so unvorsichtig herbeirief, beginnt sich über die Trümmer der Galaxis zu senken und ein Wurmloch verschlingt McGregor und LaSalle.
Staffel 4 "The Ruins of Light"
2431. Zwölf Jahre nach der Entscheidungsschlacht gegen die Union und fünf Jahre nach der Vertreibung der letzten Panoxwesen aus dem Territorium der romulanischen Autokratie senken die Terraner die temporalen Schilde, hinter denen sie sich verschanzt hatten. Piraten und Warlords im Niemandsland wittern Morgenluft. Genau diesen Zeitpunkt wählen zwei Personen, um aus dem Schlund der Hölle zurück zu kehren und zu vollenden, was ihnen vor Jahren mißlang: LaSalle und McGregor. Sind sie zu Handlangern der Schattenwesen von Panox geworden und was haben sie vor? Sareth t'Khellian wird abgesandt, das zu ergründen. Doch während McGregor eine Allianz mit Piraten und Warlords schmiedet, gieren längst andere nach Macht und Rache. Eine giftige Saat geht in den Ruinen des Lichts auf. Ein abtrünniger Inquisitor versucht ChRihan mit temporalen Waffen zu vernichten und es kostet hohe Opfer, den Gegner zu vernichten, ehe für Charles McGregor der Weg zur Macht entgültig frei scheint. Doch am Ende kommt alles anders, und statt des ersehnten Friedens bricht das Chaos über die Galaxis herein.
Staffel 5 "Am Rande der Finsterniss"
Nach dem Mord an Imperator McGregor und Prätor Tr'Khaleh leidet die Galaxis mehr denn je unter Krieg , Zerfall und Elend . Von Ch'Rihan aus tyrannisiert ein größenwahnsinniges Kind das eigene Volk und alle, die ihm in die Quere kommen. Auf der Erde bemüht sich ein militärisches Konsortium mit eiserner Hand, die Trümmer zu einer neuen starken Macht aufzubauen. Eine mysteriöse Gruppe namens "Shadow 80" webt an einem obskuren Spinnennetz im Hintergrund, als sich die Nachricht verbreitet, das die Gemahlin des letzten Imperators, Sareth t'Khellian noch am Leben sei. Ein Gerücht wie jenes, das Turan tr'Kaleh ebenfalls noch unter den Lebenden weile. Eine Allianz aus Terranern. Rumulanern und Letarienern macht sich auf, Ecurai zu stürzen. Nachdem sich das Gerücht um Turans Existent bestätigt hat und weitere Truppen zu dieser neuen Allianz hinzu gestossen sind, beginnt der Feldzug gegen einen immer isolierteren Ecurai. der Feldzug gegen einen immer isolierteren Ecurai.
Nach grossen Verlusten gelingt es der Allianz , die Hauptwelten des romulanischen Imperiums zu erobern . Ecurai wird getötet , doch auch Turan findet bei den Kämpfen den Tod . Ecurais Taten sind nun auch erklärbar , denn der selbsternannte Herrscher über alle vernunftbegabten Wesen der Galaxis stand unter dem dunklen Einfluss LaSalles.